Десятилетие команда начала со смены тренера. После негативной оценки результатов выступлений в предыдущем сезоне (12-е место) на тренерский мостик поднялся Олег Базилевич. Правда, он проработал лишь год. Следующий за ним Анатолий Коньков — два, а в июле 1989-го команду возглавил Валерий Яремченко.

«Шахтер» играл неровно, что и повлекло тренерские перетасовки — ведь коллектив единомышленников на поле пока не удавалось собрать никому из них.

И если в 86-м «Шахтер» еще смог повторить свой прошлогодний успех — выход в финал Кубка страны, то в дальнейшем, до конца существования чемпионатов Союза, более-менее значимых успехов не добивался. Лучшим стало 6-е место в чемпионате 1986 года, а вот в 1989-м команда с трудом удержалась в «вышке». В Кубке также дела не ладились — на 1/16 или 1/8 команда встречала непреодолимые барьеры. Понятно, что, не имея необходимых результатов во внутреннем чемпионате, выход на евроарену для «горняков» был закрыт.

Важным в жизни команды стало начало 1989 года. 2 января Донецкий облисполком, облсовпроф и обком ЛКСМУ приняли постановление № 1 о создании областного хозрасчетного экспериментального футбольного клуба «Шахтер» (Донецк). Через четыре дня учредительная конференция приняла Устав и избрала Совет клуба.

Среди тех, кто задавал тон в команде — Евгений Драгунов, Александр Сопко, Валерий Гошкодеря, Игорь Петров, Виктор Грачев. Появились молодые таланты - Игорь Леонов, Сергей Щербаков, Сергей Ателькин, Андрей Канчельскис, Сергей Ребров, Дмитрий Шутков.

Политические изменения в стране, стремление республик к независимости не обошли и футбол. В последнем советском чемпионате «Шахтер» провел на хорошем уровне первый круг, не проиграв ни одного матча, и только на промежуточном финише уступил «Днепру», но провалил второй, что вылилось в 12-е место среди 16 участников.

Первые три чемпионата независимой Украины и половину четвертого «Шахтер» провел под руководством Валерия Яремченко. Состав команды существенно изменился. Лидеры команды отправились на поиски лучшей жизни. Ушли Канчельскис, Ребров, Виктор Онопко, Гошкодеря, Сопко и другие.

В первом чемпионате Украины «Шахтер» по своему составу вполне мог претендовать на «золото». Однако досадная домашняя ничья с симферопольской «Таврией» оставила «горнякам» возможность бороться лишь за 3-е место. В «бронзовом» матче они уступили футболистам «Днепра» — 2:3.

Первые медали (серебряного достоинства) «Шахтеру» принес сезон 1993-94. Истины ради нужно отметить, что «Шахтер» оспаривал их в большей степени с идущим «третьим» «Черноморцем», чем с «первым» «Динамо», от которого отстал на семь очков.

В чемпионате 1994-95 «горняки» заняли четвертое место, а сезон 1995-96 остался в украинской истории команды как самый неудачный — десятое место. Зато в Кубке «Шахтер» оказался верен своему характеру и по серии пенальти в 1995 году одолел «Днепр» — 7:6 (основное время — 1:1). Эту победу донецкая команда одержала вместе со своим новым «старым» главным тренером — Владимиром Сальковым.

И напоследок о тех, кто олицетворял команду начала 90-х. Среди них старожилы - Шутков, Ященко, Петров, Сергей Онопко, Смигунов, пришли молодые — Зубов, Кривенцов, Орбу, Матвеев, Воскобойник, Ковалев, Попов. 11 октября 1996 года президентом футбольного клуба «Шахтер» стал Ринат Ахметов, с именем которого связано дальнейшее развитие и процветание клуба. С тех пор команда не опускалась ниже второго места в национальных розыгрышах (более того — второе место воспринимала как неудачу), трижды становилась чемпионом страны (2002, 2005, 2006), выигрывала Кубок Украины в 1997, 2001, 2002, 2004, Суперкубок Украины в 2005. Поставив цель создать в Донецке футбольную команду европейского уровня, ее президент год за годом делал все для реализации этой задачи.

Ахиллесовой пятой «Шахтера» долгое время были еврокубковые поединки. После относительно удачного европохода в 1997 году, когда «Шахтер» в 1/8 Кубка кубков дважды уступил итальянской «Виченце», в последующих кампаниях его останавливали скромные клубы: швейцарский «Цюрих», голландская «Рода»; в 2001, 2002, 2003 — болгарский ЦСКА из Софии, австрийская «Аустрия» и румынское «Динамо» из Бухареста соответственно.

Правда, «Шахтер» (главный тренер — Виктор Прокопенко) успел ощутить вкус Лиги чемпионов в 2000 году, куда пробился в двухматчевом раунде с пражской «Славией» благодаря голу Андрея Воробья на последних секундах основного времени ответного матча. «Шахтер» узнал Европу, Европа поближе познакомилась с «Шахтером».

В это же время широко развивается инфраструктура клуба. В 1999 году создается детско-юношеская школа ФК «Шахтер». В этом же году на месте старой тренировочной базы открывается современная СТБ «Кирша» — одна из лучших в Европе. В соответствии с требованиями УЕФА модернизируется стадион «Шахтер».

Весной 2000-го в «Шахтере» появился первый легионер из дальнего зарубежья - румын Мариан Алиуце. Из года в год команда стала пополняться игроками национальных сборных Нигерии, Хорватии, Румынии, Чехии, Польши, Сербии и Черногории, Македонии.

Отметим, что к первым золотым медалям в украинской истории «Шахтер» привел иностранный тренер. Специалисту с европейским именем Невио Скале понадобилось полгода, чтобы «Шахтер» наконец взошел на «золотой» пьедестал. После итальянца с командой работал немец Бернд Шустер, а ныне — румын Мирча Луческу.

Современный «Шахтер» не скрывает амбициозных планов. Его президент Ринат Ахметов поставил перед командой новую задачу — выиграть европейский Кубок. Третий год подряд «горняки» проходят в весеннюю стадию европейских баталий. И пока на горизонте мерцает свет Кубка УЕФА, в новом сезоне в Донецке по-прежнему ждут Лигу чемпионов.

В парке им. Ленинского комсомола полным ходом идет строительство нового стадиона «Шахтер». Бюджет строительства составляет 250 млн. долларов США. Это будет уникальное сооружение для донецкого региона и первый стадион в Украине, претендующий на 5-звездную аккредитацию УЕФА. Новый стадион будет вмещать 50 тысяч зрителей. Окончание строительства запланировано на май 2008 г.